Angesichts der Bedürfnisse der Muslime in Österreich und der Schwierigkeiten, als Imam in einem europäischen Land zu arbeiten, dachten die Verantwortlichen der Albanischen Muslime in Österreich frühzeitig darüber nach, Möglichkeiten zur Ausbildung von theologischen und pädagogischen islamischen Fachkräften hier in Österreich zu schaffen – also Fachkräfte, die die Sprache und Kultur des Landes sowie den theologischen Aspekt des Islam im europäischen Kontext kennen. Die Angebote, ohne eine grundlegende religiöse Vorbereitung auf dem Niveau der Reifeprüfung für die Verantwortlichen der AlKIG an der IRPA zu studieren, reichten nicht aus, um die Bedürfnisse eines Imams zu erfüllen. Daher war das System der Balkan-Madrasas ideal für eine voruniversitäre grundlegende religiöse Ausbildung. Nach Konsultationen mit professionellen Verantwortlichen zu dieser Angelegenheit war es unmöglich, etwas Derartiges zu erreichen, da das Bildungssystem in Österreich nichts Ähnliches wie auf dem Balkan vorsah. Daher entschied die Albanische Kultusgemeinde über ein Pilotprojekt als Aktivität der ALKIG, der Madrasa in Österreich, beginnend in Linz und mit der Hoffnung, auch nach Wien zu expandieren. So begann dieses Pilotprojekt im September 2011 seine Umsetzung. Der Unterricht fand am Wochenende statt und es wurden religiöse Themen, die albanische Sprache und auch spezielle soziale Themen behandelt. Dieses Projekt wurde auch den Landesinstitutionen wie der Magistrat Linz durch den damaligen Integrationsbeauftragten, heute Bürgermeister Klaus Luger vorgestellt, sowie auf der wissenschaftlichen Konferenz (Dezember 2011), organisiert von der Universität Wien und unterstützt von der Regierung durch den damaligen Integrationssekretär Sebastian Kurz, als Möglichkeit zur Ausbildung zukünftiger Imame in Österreich. Das Projekt war interessant und nützlich, aber andererseits auch mühsam, da die Schülerinnen und Schüler neben der regulären Oberstufenschulen auch am Wochenende die Madrasa besuchen mussten. Aus diesem Projekt haben wir heute die ersten Fachkräfte, die ihre islamischen Studien in Österreich fortgesetzt haben und nun als Theologen und islamische Pädagogen tätig sind.
Aufgrund fehlender finanzieller Ressourcen, Räumlichkeiten für den Unterricht und der weit entfernten Reisen der Schülerinnen und Schüler sowie Lehrkräfte wurde das Projekt unterbrochen.
Nach der Pandemie und der Erfahrung mit Online-Unterricht in den öffentlichen Schulen Österreichs wurde erneut der Wunsch nach der Wiederaufnahme eines solchen Online-Projekts geweckt, und zunächst beschloss der Imamerat und dann auch der Rat der ALKIG die Wiederaufnahme des Madrasa-Projekts, sodass die Madrasa im September 2020 ihre Online-Arbeit aufnahm und die erste Generation ihren Madrasa-Abschluss am Ende dieses Schuljahres abschließt. Wir hoffen und wünschen, dass die Absolventinnen und Absolventen der Madrasa ihre Studien sowohl im religiösen als auch im sozialen Bereich fortsetzen.